現(xiàn)代生物學(xué)、醫(yī)學(xué)及轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、藥物學(xué)等研究中,隨著功能基因組研究的深入,生物大小分子的生物學(xué)功能研究占據(jù)著非常重要的地位;生物大小分子的相互作用分析成為目前分子功能學(xué)研究中不可缺少的重要手段,因此一個好的分子互作研究工具,無疑將對我們的科研起到極大的促進作用。目前研究分子互作的檢測技術(shù)層出不窮,從傳統(tǒng)的終點法ELISA、Co-IP 、Western Blot雜交檢測到近年迅速火熱的實時無標(biāo)記的分子互作系統(tǒng)。無標(biāo)記技術(shù)通常將蛋白質(zhì)受體分子固定在傳感器表面,然后注入配體(稱為分析物)使其流過傳感器。在特定的締合時間后(由受體結(jié)合位點的飽和度決定),將不包含配體的溶液通過流通池注入以解離受體-配體復(fù)合物。受體和配體的結(jié)合和解離的變化將轉(zhuǎn)化為光的干涉圖案。這些變化基于與表面受體與配體分子結(jié)合的數(shù)量,并以傳感圖表示,從中可以計算出動力學(xué)締合常數(shù)(kon)和解離常數(shù)(koff),以及Kd(圖1)
圖1
相對其他只能做出終點檢測的如Pull-down檢測技術(shù),無標(biāo)記技術(shù)讓研究者可以定量分析生物分子間的相互作用 Kon, Koff 和KD值,對分子間相互作用研究提供了更深入的分析。因此,無標(biāo)記技術(shù)在生命科學(xué)研究中的作用越來越重要,且在很多醫(yī)藥及醫(yī)學(xué)研究中頗受關(guān)注。那么今天推薦給大家的就是基于GCI(Grating-Coupled Interferometry光柵耦合干涉)技術(shù)原理的一款設(shè)備WAVE delta,現(xiàn)在就帶大家來了解這款性價比超高的黑馬設(shè)備。
技術(shù)原理
與經(jīng)典的SPR技術(shù)相比,GCI巧妙的利用波導(dǎo)技術(shù)的原理,將光路延伸至整個傳感器表面。如圖2,當(dāng)配體(分析物)與固定在傳感器表面的受體蛋白相互作用時,漸逝場會經(jīng)歷特征性的相位延遲,將參考波和檢測光波耦合到同一波導(dǎo)中干涉并產(chǎn)生信號[1],從而消除了由光學(xué)器件的熱/機械位移引起的漂移,GCI技術(shù)極大地提高了檢測信號的穩(wěn)定性,且每個漸逝波都探測到了表面的相互作用,該技術(shù)已經(jīng)由Creoptix AG(瑞士)開發(fā)。圖3,SPR技術(shù)中的每個漸逝波通常覆蓋約100 nm直徑的表面積,而GCI中的漸逝波覆蓋整個傳感器表面約2 mm長度,從而探測出比SPR更多的相互作用[2]。GCI儀器的高靈敏度使它們能夠以低響應(yīng)的解析動力學(xué),從而使研究人員能夠研究分子量比非常大(例如,數(shù)百個kDa固定的配體與200 Da的小分子分析物)分子之間的結(jié)合相互作用??梢詼y定低活性的配體和低密度的表面受體,與SPR Biocore儀器不同,由Creoptix AG設(shè)計的GCI在實際設(shè)備中既沒有微流體通道也沒有微閥。而是將微流體內(nèi)置到一次性芯片中。這使得GCI能夠檢測粗樣品(例如,細(xì)胞培養(yǎng)基,未純化的細(xì)胞裂解物,脂質(zhì)囊泡等),并通過光學(xué)生物傳感器(可檢測親和力從低pM到數(shù)十mM)擴展動力學(xué)的測量范圍。
技術(shù)特點
1.無與倫比的靈敏度
對于無標(biāo)記技術(shù),展現(xiàn)靈敏度的方式是看信號強度,而信號強度取決于配體和分析物的分子量比以及配體的固定水平。當(dāng)配體和分析物的分子量比超過300時,無論如何提高配體固定水平,傳統(tǒng)的無標(biāo)記技術(shù)由于器原理的局限性都無法檢測到分子間的相互作用,而GCI憑借其超高的靈敏度可以在不僅在分子量比大于300的正常固定水平下可以得到穩(wěn)定的信號,且在配體低固定水平也能夠準(zhǔn)確表征其動力學(xué)信息。
圖4
如圖4,配體和分析物的分子量比為370,(圖4左)配體固定水平為2775pg/mm2 (1pg/mm2=1RU),1:1結(jié)合的理論信號強度為7.5(理論值=1/分子量比*固定水平),實得信號值約為5.而傳統(tǒng)的SPR技術(shù)無法表征分子量比超過300的動力學(xué)信息。這還不是GCI的極限,繼續(xù)減少配體固定水平(圖4右)到835RU,可以看到即使信號強度低于1個RU,GCI得到的信息依然準(zhǔn)確,表現(xiàn)出GCI超高的靈敏度與強大的穩(wěn)定性。
繼續(xù)增加分子量比直至1000?。▓D5),GCI依然可以表征其動力學(xué)!
圖5
2.超高時間分辨率
相比于傳統(tǒng)的終點法ELISA、Co-IP 、Western Blot,無標(biāo)記技術(shù)不僅可以檢測KD,更重要的是可以給研究者提供動力學(xué)信息(結(jié)合和解離常數(shù)),而解離常數(shù)更是其重中之重。但對于一些(快上快下)的分子間動力學(xué)過程,其解離常數(shù)小于1s-1,現(xiàn)有的無標(biāo)記技術(shù)很難準(zhǔn)確表征,而GCI技術(shù)目前可以檢測0.1s內(nèi)分子間作用變化,表征解離速率小于10s-1的分子間相互作用。如圖6
圖6
3.創(chuàng)新性的芯片設(shè)計(維護成本極低)
目前市場的主流的SPR品牌Biacore,光路系統(tǒng)相對復(fù)雜,維護成本比較高(單是流路管堵塞就需花費十幾萬元每年,而流路管道又特別細(xì)稍微粘稠樣本就容易堵塞),儀器操作復(fù)雜且價格較高,需要專人保養(yǎng)。而Creoptix不僅創(chuàng)新性的提高的靈敏度和時間分辨率,且創(chuàng)新性的將微流路外置在芯片中,無需定期更換微流路,日常維護每年僅消耗100mL的PBS,支持全血清,全血漿檢測,無需擔(dān)心堵塞!兼容48,96,384板任意組合,120h無人值守運行。
4.更廣泛的應(yīng)用范圍
得益于WAVE delta的靈敏度,時間分辨率和微流路外置的創(chuàng)新性提升,使科學(xué)家們可以做以前做不到的事情,看到以前到不到的信息。
圖7:固定膜蛋白(整個膜)的動力學(xué)表征
圖8:VLPs的動力學(xué)表征(無需反轉(zhuǎn)配體和樣品)
圖9:ADA定量(檢測下限極低)
WAVE delta的應(yīng)用范圍和相關(guān)參數(shù)
分析領(lǐng)域 : 分子相互作用模式的研究;動力學(xué)常數(shù)的測定;親和常數(shù)測定,濃度的測量及構(gòu)象變化的速率等。 生命科學(xué)研究領(lǐng)域 : 蛋白質(zhì)組學(xué)研究、癌癥研究、新藥研發(fā)、信號傳遞、分子識別、熱力學(xué)分析、免疫調(diào)節(jié)、免疫測定、疫苗開發(fā)、瞬時結(jié)合、配體垂釣、結(jié)合特異性、結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系及酶反應(yīng)等。分析樣品類型 :小分子化合物、多肽、蛋白質(zhì)、寡核苷酸、寡聚糖到類脂、脂質(zhì)體,噬菌體、病毒樣顆粒和細(xì)胞等。
參數(shù)配置
流通池(通道)數(shù)量: 4
噪聲(RMS)<0.01 pg/mm 2 (1 pg/mm 2=1RU)
漂移 <0.3 pg/mm 2 /min
讀取頻率 :1 Hz, 10 Hz or 40 Hz
分子量:無限制
結(jié)合常數(shù)范圍: ka = 10 3 —10 7 M -1 s -1
解離常數(shù)范圍: kd = 10 -5—10 s -1
溫控范圍 WAVEdelta: 4°C - 45°C (max 20°C below ambient)
微流路:整合到芯片中
脫氣裝置:內(nèi)置
流速: 0—400ml/min
樣品容量:兩塊48(96,384)孔板
自動化:120h無人值守運行
進樣量:20-425uL(普遍100ul)
緩沖液:自動轉(zhuǎn)換 4 buffers
參考文獻:
[1] Pedro J.S(2020)In vitro analytical approaches to study plant ligand-receptor interactions. American Society of Plant Biologists. 2:1687-1712
[2] Lukosz W (1991) Principles and sensitivities of integrated optical and surface plasmon sensors for direct affinity sensing and immunosensing. Biosens Bioelectron 6: 215–225